中国农业科学院柑桔研究所（西南大学柑桔研究所）是唯一的国家级柑桔专业科研机构。该所以开展柑桔科技创新，促进优势产业发展为重点，科研工作包括种质资源收集、评价与保护，新品种创新与推广；该所在柑桔转基因抗溃疡病品种研发和基因芯片技术处于国内领先水平。研究所拥有国家柑桔工程技术研究中心，国家柑桔品种改良中心，国家柑桔苗木脱毒中心，国家果树种质重庆柑桔圃，国家柑桔加工技术研发分中心，国家柑桔野外观测台站，农业部柑桔及苗木质量监督检验测试中心，柑桔教育部工程研究中心，柑桔学重庆市市级重点实验室，重庆市植物病害生物学重点实验室，重庆市柑桔危险性有害生物检测鉴定中心，重庆市柑桔工程技术研究中心，农业部柑桔病虫害防控功能研究室，农业部柑桔栽培与耕作功能研究室，中国农业科学院柑桔学重点开放实验室等研究中心。